中部及南部美洲

在17世纪，西班牙人处于防御态势，以保护帝国在上个世纪夺得的领土。而法国、英国及尼德兰（特别是在西印度洋）对西班牙的入侵，标志着西班牙实力的下降。在加勒比海地区以及更南地区发生的冲突，同北美洲的冲突一样，均反映了欧洲地区联盟及对抗双方的转换。这个时期以三个主要特征为标志：一、印第安人的动荡不安，特别是南部智利的阿劳卡尼亚人、秘鲁之皮亚约斯人，以及位于拉斯查尔卡斯与巴拉圭之间的奇里瓜纳人；二、卢瑟海盗或新教派海盗（他们经常得到欧洲人特别是英国人的直接资助或间接鼓励）；三、是与前者有关的大规模走私贩运。到17世纪末，西班牙人不得不靠加固其海岸及加勒比海沿岸部落中的要塞来弥补其海军力量的不足。这种防御政策的典型反映是，西班牙紧缩其漏洞百出的圣多明各防线，同时为加强卡塔赫纳，而在其周围建立了一个环形要塞，围墙厚约101厘米，并留下一条十分容易封锁的水路。
1624—1629年，与荷兰人的战争 1624年，荷兰人攻占巴伊亚，但几年后，又被西班牙海军夺去。不过此后不久的1627年，荷兰为了入侵伯南布哥，又重占巴伊亚。1628年，由皮特·佩恩率领的荷兰海盗掠走一艘驶离古巴海岸的西班牙运银船。随即佩恩被任命为荷兰海军上将。1629年，由60艘战舰组成的荷兰海军攻占伯南布哥和雷西腓。
1629—1660年，讨伐其他殖民地的远征队 1629年，西班牙人将内维斯岛及圣克里斯托弗岛的英国殖民者赶走，并将分崩离析的西班牙人聚集起来。1641年，英国的清教徒被迫离开普罗维登斯群岛，前往中美洲。1643年为报复，英国的普罗维登斯连及沃里克伯爵组织的一小股部队强攻委内瑞拉海岸，并短暂控制牙买加。1660年，西班牙人将小安的列斯群岛的英法殖民者赶走。
1654年，英国占领牙买加 克伦威尔命海军上将威廉·佩恩攻占圣多明各，未果，但却攻占了牙买加。
1668—1671年，摩根袭击巴拿马 由亨利·摩根率领的2000名海盗劫掠了波托贝洛和巴拿马城。摩根被查理二世封为武士。
1670年，《马德里条约》 依约，英国人随即停止对加勒比海沿岸的劫掠，而西班牙人则承认英国对牙买加拥有宗主权。
1679年，英国海盗袭击巴拿马